TEM图片线粒体自动分割

哈喽,大家好!

我最近拍摄了一批电镜结果(示例图如下),后续我需要对线粒体/内质网等细胞器进行分割,想请问一下有没有推荐的自动分割方法?

目前,我查找文献找到了一款基于napari的插件empanada,尝试后发现,empanada对我获得图片种的线粒体识别效果并不是很好。后续我打算尝试fine tune the model,但是尚不清楚需要投入多少精力,所以想在BBS里询问一下大家的意见或建议。

此外,ImageJ可以实现电镜图像内细胞器的识别吗?如果可以的话,需要使用什么插件/模型?

谢谢大家。

我觉得fine tune一个模型可能是最好的选择,可以也可以使用meta开源的Detectron2。

可以考虑用Dragonfly这个软件来做上手比较简单晚上也有教程但是这个软件要收费不过可以申请免费试用60天我记得

非常感谢,我会在这里update进展

非常感谢提供这个信息,我看Dragonfly也提供了non-commercial license. 我先了解一下。

我最终使用Matlab里的MIB软件,里面提供了Meta公司的SAM2模型,可以进行交互式地全细胞/细胞核/线粒体segmentation。其具体的教程在youtube上可以找到,对于边界清晰对象的分割效果非常好。

感谢你的update!确实如果有很好的交互性,meta中的SAM是非常实用的方法!