2024年你一定要学会的四个图像分析自动化工具

ImageJ | 2024年你一定要学的四个自动化

如今,要想拿顶刊,关键在于数据量大、结果出色和有效运用人工智能。而科研上的竞争已经不仅仅是卷时间、卷仪器,还在卷效率、卷算法。有的课题组阳性细胞还在拿手数,而有的课题组已经能分析多组实验、多通道层扫图像时间序列(4D)的数据了。

在科研图像处理领域,掌握自动化与AI就是你的制胜法宝。以下是2024年必学的四款核心工具,搭载前沿AI技术,并可无缝结合开源软件ImageJ,助你倍增效率,技能库紧跟时代步伐!

1. Trainable Weka Segmentation (TWS):万能分割框架,高效处理复杂图像

TWS用于对图像进行区域分割,比如细胞、颗粒、气泡、纤维等,值得一试。使用极其简单,直接画几笔就可以完成图像分割,无需繁琐的预处理、后处理和调参。

这个插件背后是随机森林(机器学习的一种)驱动,专治阈值法处理不了的困难图像。很多更专业的插件也是基于它开发的,比如分析肌肉细胞的Myosoft。

2. Cellpose:细胞分割领域的明星工具,轻松实现批量分割,省时省力

自2020年后,细胞分割领域迎来了Cellpose的革命性进展。这是一款专注于细胞分割的模型,多次登上顶刊(如《Nature Methods》)。它不仅使用体验丝滑,还具有极高的分割能力,无需编程经验,简单易用。分析结果还能保存为ImageJ中的ROI。

3. TrackMate:追踪利器,集分割与可视化于一体

如果你有时间序列图像需要追踪特定物体,TrackMate是你的不二选择。它集成了图像分割、物体追踪和数据可视化三大核心功能。更有trackmate-weka、trackmate-starDist、trackmate-cellpose等增强插件,让追踪精度和适应性达到新高度。

4. Segment Anything (SAM):万能分割模型,高效处理复杂图像

META(前Facebook)的SAM模型在图像分割上影响深远,已被6000多篇科研论文引用。它的强大分割能力适用于许多行业,在科研领域也形成了生态。基于SAM的微调模型如MedSAM在医学领域应用广泛,成为医生图像分析的神器。
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看到这里说明你是个好学的人!如果我告诉你可以三天快速掌握这些工具,让科研能力跃升新高度,你心动吗?

2024年即将结束,我为你准备了一个难得的机会:

非编程AI图像处理训练营

课程大纲:

第一天:

  • 数字图像处理的初衷
  • AI图像处理的发展
  • 随机森林和TWS原理
  • TWS实操与预处理
  • 多张图像的训练方法
  • 自动化:预处理+TWS分割+后处理
  • 项目实战:自动化分析多张复杂图像
  • Bonus 1: TWS API 更快更好地自动化
  • Bonus 2: TWS-trackmate 应对目标追踪

第二天:

  • 细胞分割的挑战
  • Cellpose系列论文浅读与原理介绍
  • Cellpose安装与实操
  • Cellpose自动化分析多张图像
  • 项目实战:Cellpose批量分析运动细胞
  • Bonus : Cellpose + TWS 结合的自动化方案

第三天:

  • Segment Anything Model 与SAMJ
  • MedSAM在3D分割中的应用
  • SAM2视频分析简介
  • 总复习与展望
  • 交流答疑

课程收获

拿到成堆需要处理的图片后,你将学会:

  • 快速找到最实用的工具:简单易学,无需编程,方便安装。
  • 掌握清晰的处理步骤:遇到难题时,逐步尝试不同方法,直至成功。
  • 轻松掌握自动化技巧:熟练操作各类自动化工具,实现高效批量分析。

课程适合人群

  • 科研行业的职场人士:想更新技能、领军项目、升职加薪!
  • 熬夜处理图像的高校学生:毕业赶due,想提高效率、发表论文!
  • 对图像处理感兴趣的朋友:闲暇时间学点技巧,赚点外快!

课程信息

  • 讲师:Bilibili图像处理区知名up主,思语视觉创始人 - 阿图老师 B站主页
  • 开营时间:12月7日-8日;12月14日-15日;12月21日-22日
  • 课程价格:价值1688元的训练营 + 价值998元的精品课视频 + 价值149元的付费群,12月05日前报名仅需998元(总价2835元)!不满意全额退款!

发票信息

可开发票方便报销。发票种类包括会议费、技术咨询、技术服务、计算机视觉硬件销售等。也可以联系 service_siyuvision微信报名。

让AI赋能你的科研,只需三天,马上开启你的高效之旅!

也可以联系service_siyuvision微信报名。