细胞跟踪与分类

[lwbigfly]

xdm我的情况是这样的：我有一组类似于这样的，在微通道里面一端流入一些细胞，另一端流出细胞的图像，我想把其中好几帧内同一个细胞识别出来并单独框出来放在一个文件夹里，比如第一第二张图都有细胞A、B,能否把所有识别到的A放在一个文件夹，B放在另一个文件夹。这些图是cellpose识别后的掩膜，原图是含噪声的全息图。

[Founder]

@lwbigfly

我想把其中好几帧内同一个细胞识别出来并单独框出来放在一个文件夹里，比如第一第二张图都有细胞A、B,能否把所有识别到的A放在一个文件夹，B放在另一个文件夹。

请问你的意思是要把这些细胞单个截图出来然后分类然后放到不同的文件夹吗？

[lwbigfly]

对的，原本是相位图，类似于这样，噪声太大了，所以cellpose提取了掩膜，然后就是单个的细胞放在同一个文件夹

[lwbigfly]

这样子记录同一个细胞的文件夹里面能有细胞在每帧大图里面的运动情况

[Founder]

如果你只是想追踪细胞，不需要把他们放到单独的文件夹的话，Trackmate可以，不然的话可能需要自己写一个ImageJ macro

[lwbigfly]

那我如果想对这种类型的细胞做追踪，追踪轨迹断断续续的，是什么原因呀，我看细胞都识别出来了，是轨迹探测器参数没选对吗？

[Founder]

是的，参数选择问题

[lwbigfly]

轨迹识别的参数选择里有没有什么只能识别水平方向的运动，不用识别竖直方向的，，我这个场景只有水平方向的

[Founder]

@lwbigfly

迹识别的参数选择里有没有什么只能识别水平方向的运动，不用识别竖直方向的，，我这个场景只有水平方

结果里应该有运动参数，水平方向移动的情况，但好像没有单独这个方向的速度。详细可以看一下官方doc:TrackMate Analyzers