这一期讲讲ImageJ对荧光共定位的测量，希望对大家有所帮助。
使用mageJ进行荧光共定位分析的方法。通过将彩色图转换为RGB图，然后使用HSB图来观察黄色部分。通过手动框选共定位的pixel，计算出共定位百分比。另外，还介绍了一个名为Colocolization_finder的共定位插件，可以更方便地进行共定位分析。该插件可以通过scatterplot的形式展示共定位情况，可以根据需求选择共定位的pixel。
荧光细胞共定位的分析方法，包括手动调整和使用共定位插件，最后提供了相关下载链接。
00:01 图像处理中的共定位分析方法
02:26 排除颜色部分的方法
04:51 共定位插件的使用方法
如何使用scatterplot来测量共定位，并介绍了皮尔森系数等相关数据的含义
05:45 scatterplot和composite窗口的使用
08:38 通过点强度确定共定位区域
共定位技术，通过对不同区域的取值和颜色分布显示，实现自动化定位和分析。
11:38 通过按住ctrl键，点击区域，可以将该部分自动分组成不同的颜色
11:59 共定位技术：通过不同的点击，可以实现不同的共定位技术。
13:03 点的情况：可以选择一个区域，只看这一部分的共定位，这些点会发生变化
非常感谢版主的共定位教程，我有一些问题想要请教：
我关注的是红色与绿色两种荧光信号的共定位情况，更具体一点讲，我关注的是红色与绿色重合部分占红色信号的百分比，所以我使用Mander index进行定量。
在获得激光共聚焦图像后，我首先拆分通道，然后手动对红色信号进行了segmentation并添加到ROI manager，然后使用colocalization finder分析红色与绿色信号的共定位情况，我在composite上选中刚才的ROI，然后在ScateerPlot中选择所有的像素点，得到此时的M1系数。
请问我的分析流程可行吗？
Best, Di
示例图像：
你的方法应该没有问题。你可以把你的RGB图像先分解成3个channel （Image>>Color>>Split Channels) 然后对其中红色和绿色的部分进行共定位的分析。记得去掉scale bar的影响。这里附上插件参数计算公式：
http://questpharma.u-strasbg.fr/html/colocalization-finder.html
唯一的思考是，如果你是通过阈值来截取你的红色区域，那么你的红色区域就会缺少所有阈值以下的强度 （你认为的噪点和不感兴趣区域），而你保留了在这个区域里所有绿色的强度，不知道会不会有噪点的影响，是否也应该矫正一下。可以参考下面这个视频。不过总体而言应该差别不大。
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图哥你好，谢谢你的教程，我从b站教程看过来的。
我现在遇到的问题是如何实现部分区域细胞的共定位，以及统计细胞数目和大小。目前通过colocalizaiton finder区分区域内共定位的细胞，但是后续我想通过对Composite进行analyze particles就会失败。
请问我该如何选中对目标共定位的细胞并进行分析？
谢谢，
小陈
不知道我有没有完全理解，你可以试试把这个区域事先加到ROI manager里面，然后先分析粒径，再去分析共定位。具体上，你可以尝试把原来的图像两个共定位需要的通道变成二值图像，通过你的共定位里方框的选择来确定二值化的阈值。然后对这两张图进行布尔运算，来得到手动的共定位，然后做粒径分析。
版主中午好：
非常感谢您的回答，我尝试了下您说的方法可以做到粗略统计。
但因为红色通道有部分细胞染色略浅，调节阈值后看上去很连贯。
总之问题有了初步解决，非常感谢您的帮助。
Have a nice day,
小陈
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