『顶刊』ImageJ图像处理 - Nature method发表无编程自动化神器JIPipe

这一期讲讲自动化神器JIPipe。这是一款跟ImageJ完全适配的程序,类似LabView,以流程图的方式实现对图像处理的自动化。整个程序的集成度很高,内置cellpose等非常好用的插件,R和python,很值得大家学习。

视频中介绍了如何下载和安装JIPipe,并演示了如何使用JIPipe进行简单的自动化操作,例如批量风图片、模糊处理、计算颗粒大小等。该工具的出现为ImageJ用户提供了更多的自动化选择。
Screenshot 2024-07-14 085836
下载地址:
https://jipipe.hki-jena.de/

1 个赞

老师,请问JIpipe可以对扫描电镜的孔隙进行统计或者测量吗

可以结合weka segmentation进行。

尝试了JIpipe以及内置的cellpose,确实很好用。不过进行segmentation之后随之而来的问题是如何结合trackmate或其他方法进行tracking,以及如何在JIpipe内使用GPU进行加速cellpose。GPU问题貌似和pytorch的安装有关,在cellpose官方论坛上有提及。希望阿图可以针对这些难点出一期视频教学

2 个赞

下载jipipe后内置插件没有cellpose,请问该如何解决?

是去官网下载的完整版吗?

打开JIpipe后点击左上角里面有管理插件的页面。如Cellpose需要下载并激活

老师,请问使用JIPipe的analyze particles时生成的ROI和数据表如何添加每个ROI的标签呢?

如何在JiPipe中安装新的Fiji插件呢?

老师,怎样将jipipe和weka segmentation结合使用,我在jipipe里好像调用不了

我对这个软件还不是很熟悉,等我研究一下。也希望比较熟悉的朋友分享经验!