有关透明颗粒内部高光及阴影带来的划分（threshold）问题

[Z1chen]

请问透明矿物颗粒内的高光、透明及阴影如何处理，在二值化过程后，常导致颗粒内部空洞。

我需要计算颗粒圆形度，想要较精确地划分颗粒边缘，已尝试Weka Segmentation与morphological Segmentation，边缘划分效果不佳，请各位大佬帮忙看看，万分感谢！

[Z1chen]

[Founder]

cellpose 的效果好像不错：

这里是截图做的，可以修改diameter来调整：

另外，你也可以选择把颗粒封上之后fill holes。

[Z1chen]

谢谢！我试过使用网页版的cellpose，D设置为10的时候确实可以划分出颗粒来，但是感觉由于是基于细胞分割设计的，对颗粒的锐利边缘做了很多圆滑处理，对我关注的颗粒圆形度和roundness有比较大影响，我等下再试试。另，封上再fillholes确实是我现在使用的方法，我试过imagej自带的close-以及morphological filter里可调参数的closing，确实可以解决部分颗粒，但是为了避免画面失真较大，部分颗粒目前仍需依靠手动添补划分。

[Founder]

还可以试一试SAM。最终如果图片很多精度要求比较高的话，可以考虑训练一个U-Net(费时费力）。

[Z1chen]

非常感谢！我正在研究如何安装samj，fiji更新总是报错

[Z1chen]

我现在找到一个好办法，得益于我拍的时候选择的不是黑色背景而是黄色背景，颗粒上的深色阴影在转换成灰度照片前与背景有较大区分度，可以直接对RGB原图使用color shreshold，在color space选择不同色域模式先分出颗粒上的阴影，再对原图选择RGB模式的color shreshold分出白色颗粒部分，最后将两张图add在一起，可以基本补充完全，剩下的由于透明部分所导致的空洞则无法避免，大多可以fill holes解决